鯨豚觀察員的工作目的，是在避免鯨豚在海域開發案施工期間，受到施工水下噪音的衝擊傷害。例如在海上進行打樁作業時，打樁前必須先行觀察，確保沒有鯨豚在施工區域水下噪音警戒區出沒，一旦看到鯨豚進入警戒區，必須紀錄與通報施工單位，延後打樁開始時間。在打樁時，如果看到鯨豚進入警戒區，也必須紀錄並通報施工單位，暫時停止打樁。因此，鯨豚觀察員的任務就像是建築工地的保全，當有大型車輛進出時，擔任指揮的工作，確保施工安全不會傷害到路人。
國外類似的制度其實已行之有年，例如英國海洋哺乳動物觀察員(Marine Mammal Observer,MMO)、美國保育物種觀察員(Protected Species Observers, PSO)等。
 
註：「警戒區」範圍是依照環評過程個案劃設區域，目前我國離岸風力發電開發案件所採用之範圍，多為援引德國StUK4標準，以噪音源750公尺小於160 dB為警戒區範圍。